במהלך הפעלת מדחס אוויר בורג, הקפדה על פרוטוקולי הפעולה של הציוד חיונית על מנת להבטיח הן בטיחות תפעולית והן יציבות הציוד. לפני ההפעלה, יש לוודא את אספקת החשמל, המתח, מפלס שמן הסיכה ואת תקינות כל החיבורים; בנוסף, יש לאשר שמערכת הקירור ויחידת סינון האוויר תקינים כדי למנוע תקלה בציוד שנגרמה מחוסר שמן, סתימות או חריגות חשמליות.
בזמן שהציוד פועל, על המפעילים לפקח באופן רציף על לחץ הפריקה, טמפרטורת הפעולה ומצב המנוע כדי למנוע מצבים כמו לחץ יתר או התחממות יתר. אסור למפעילים לפרק באופן שרירותי שסתומי בטיחות, חיישני לחץ או התקני הגנה אחרים; בנוסף, חדר המדחס חייב להיות מאוורר היטב-כדי להבטיח שסביבות-טמפרטורות גבוהות לא יפגעו ביעילות פיזור החום של הציוד. אם יתגלו רעשים חריגים, רעידות או נזילות שמן, יש לכבות את היחידה באופן מיידי לבדיקה כדי למנוע את התקלה מהסלמה.
לגבי תחזוקה שוטפת, יש להחליף את חומר הסיכה, רכיבי מסנן האוויר ומפרידי הגז-שמן מדי פעם כדי להבטיח ניקיון פנימי ושימון יעיל. בעת כיבוי היחידה לצורך תחזוקה או תיקון, הכרחי לנתק תחילה את אספקת החשמל ולשחרר את כל הלחץ הפנימי של המערכת כדי למנוע תאונות בטיחות הקשורות לעבודה תחת לחץ. יתר על כן, השטח המקיף את הציוד חייב להיות נקי מחומרים דליקים ונפיצים, וכל משימות התחזוקה והשירות צריכות להתבצע על ידי אנשי מקצוע מוסמכים כדי לשפר את הבטיחות התפעולית ולהאריך את חיי השירות של מדחס האוויר הבורגי.
