משטר הניקוי עבור מדחסי אוויר-יירים מקיף בעיקר שלושה תחומים מרכזיים: הסרת אבק חיצוני, ניקוי מערכת היניקה ותחזוקת מערכת הקירור. אמצעים אלה חיוניים להבטחת פעולתו היציבה-לטווח ארוך של הציוד ופיזור חום יעיל.
במהלך ניקוי שגרתי, השלב הראשון כולל הסרת אבק מהחלק החיצוני של הציוד-במיוחד לאזורים כגון משטח המארז, תעלות אוויר לקירור ובית המנוע. ניתן להשיג זאת באמצעות אוויר דחוס יבש או מטלית רכה כדי למנוע הצטברות אבק מפגיעה ביעילות פיזור החום. בנוסף, יש לשמור על סביבת חדר המדחס נקייה ומסודרת כדי למזער את הסבירות של כניסת אבק לרכיבים הפנימיים של הציוד.
יש חשיבות מיוחדת לניקוי מערכת היניקה-כולל אלמנט מסנן האוויר וצנרת היניקה-. אם אלמנט מסנן האוויר נשאר סתום לתקופה ממושכת, זה יפגע ישירות בנפח זרימת האוויר וביעילות הדחיסה; לכן, יש להסיר אותו מעת לעת לצורך בדיקה, ניקוי או החלפה כדי להבטיח זרימת אוויר ללא הפרעה. כמו כן, יש לבדוק את צנרת היניקה לאיתור שאריות שמן או זיהומים שהצטברו, ולנקות לפי הצורך.
גם מערכת הקירור דורשת תחזוקה ממוקדת. עבור יחידות מקוררות באוויר, יש להסיר אבק באופן קבוע מסנפירי הקירור כדי למנוע מפיזור חום לקוי להפעיל אזעקות טמפרטורה גבוהה-; עבור יחידות מקוררות- במים, יש לבדוק את קווי זרימת המים כדי לוודא שהם נשארים ללא הפרעה וללא הצטברות אבנית. על ידי הקפדה על פרוטוקולי ניקוי ותחזוקה סטנדרטיים אלה, ניתן לשפר ביעילות את היעילות התפעולית וחיי השירות של מדחס האוויר עם ההנעה הישירה-.
